Uno dei principali problemi delle Olimpiadi è il doping. Agli inizi del XX secolo, si iniziarono a usare droghe per ottenere prestazioni sportive migliori. L’unica morte per doping avvenuta durante le Olimpiadi avvenne nel 1960, nella corsa di bici su strada. Il danese Knud Enemark Jensen cadde dalla sua bici e più tardi morì. L’autopsia rivelò che l’atleta assumeva anfetamine. I test anti-doping furono introdotti dal Cio a partire dai Giochi del 1968. Il primo atleta ad essere trovato positivo fu Hans-Gunnar Liljenwall proprio nel 1968. Settantatré atleti sono stati trovati positivi nei successivi 38 anni, tra cui molti vincitori di medaglie. La squalifica per doping più nota fu quella del velocista canadese Ben Johnson, che aveva vinto i 100 metri a Seul 1988 e fu poi trovato positivo. Nonostante i controlli, gli atleti hanno continuato a doparsi. Nel caso in cui un atleta risulti positivo al doping in una competizione a squadre, automaticamente viene squalificata tutta la squadra. Clamorosa fu la squalifica della staffetta 4x100 giamaicana, composta da Usain Bolt, Asafa Powell, Michael Frater e Nesta Carter. Fu quest’ultimo ad essere trovato positivo ben 9 anni dopo la gara, causando di conseguenza la squalifica dell’intera squadra e la perdita della medaglia d’oro.