Sono molte le competenze che si concentrano sulla laguna di Orbetello. Se, in base alla legge approvata, presto sarà un parco ambientale, di fatto è già un Sito di interesse comunitario e una Zona di protezione speciale. Al tempo stesso è anche una Riserva naturale regionale, una Riserva naturale statale denominata ‘Laguna di Ponente’ e gestita dal Wwf Italia; una Riserva Naturale Statale denominata ‘Duna di Feniglia’ gestita dalla Forestale (ora Carabinieri). È riconosciuta come zona umida di interesse nazionale dalla Convenzione di Ramsar. L’intera estensione della Laguna di Orbetello ricade inoltre all’interno del sito di bonifica di interesse nazionale (Sin) di Orbetello Area ex Sitoco, che comprende l’intero bacino lagunare. Eppure, ogni anno è un problema trovare i soldi necessari a tenerla in vita. Proprio a causa della sua fragilità, l’ambiente lagunare già a partire dal 1993 è stato oggetto di importanti interventi di risanamento delle criticità legate alla eutrofizzazione e fino al settembre del 2012, di commissariamento. Cessata la gestione straordinaria, la Regione è stata individuata quale amministrazione competente, in regime ordinario, al coordinamento delle attività necessarie al proseguimento degli interventi per fronteggiare la situazione di criticità. E per assicurare la prosecuzione delle iniziative finalizzate alla salvaguardia la Giunta, ha previsto sul bilancio pluriennale un ‘Contributo straordinario per la gestione’.
Con leggi successive, previa stipula di specifici accordi con il Comune di Orbetello, ha finanziato negli anni, senza soluzione di continuità, gli interventi necessari nonché il servizio di gestione del sistema integrato della laguna. Gli interventi attivati non sono tuttavia sufficienti a prevenire o scongiurare nel lungo periodo eventi distrofici di natura emergenziale, principalmente legati ai cambiamenti climatici che mettono a rischio l’intero ecosistema lagunare. Sulla base degli accordi iniziali il ruolo di soggetto attuatore sarebbe poi dovuto passare al Comune di Orbetello, dove per tanti anni ha avuto sede l’ufficio commissariale, ma quando è arrivato il momento è stata la stessa amministrazione lagunare a decidere di assumersi tale responsabilità, preferendo che continuasse a occuparsene la Regione. Sempre la Regione ha promosso inoltre progetti di ricerca mirati ad approfondire lo studio delle dinamiche ambientali del sistema lagunare, partendo da studi e ricerche già svolte in passato dai diversi soggetti pubblici competenti. In collaborazione con il Dipartimento di Ingegneria Civile e Ambientale dell’Università di Firenze è stato realizzato un progetto per lo sviluppo delle attività di ricerca per la definizione di strumenti per la mitigazione dei processi eutrofici.