Dal 1994 ad oggi l’Arena Garibaldi ha vissuto una storia travagliata tra lavori, normative, cali della capienza e disagi di varia entità. I record di 35 mila spettatori dell’epoca di Romeo Anconetani sono soltanto un lontano ricordo. Tra il 1994 e il 1996, ritenendo complicato gestire l’impianto in Eccellenza e Serie D, l’amministrazione comunale Floriani ritenne opportuno chiudere le curve, dirottando i tifosi tra gradinata e tribuna. L’ultima partita casalinga nel torneo dilettanti vide i tifosi invadere la curva nord riappropriandosi del proprio settore, tanto che a partire da Pisa-Forlì della Serie C2 1996-97, lo storico settore venne così riaperto.
Per anni l’Arena ha continuato ad ospitare i tifosi senza particolari problemi di capienza. Spiccano ad esempio gli oltre 20 mila spettatori di Italia-Norvegia del 1999. Nel 2007 però, in seguito alla morte dell’ispettore Filippo Raciti durante il derby tra Catania e Palermo, cambiarono le normative federali in termini di sicurezza. Il presidente dell’epoca, Leonardo Covarelli, sborsò un milione di euro anticipando le spese comunali per riuscire a tempo di record ad iscriversi alla Serie B, con l’esordio stagionale casalingo in Coppa Italia dirottato a Pistoia contro il Brescia, a causa della temporanea impossibilità di utilizzare l’Arena.
In quella occasione fecero capolino i tornelli e le cancellate tanto odiate da pubblico e residenti di Porta a Lucca. La capienza dello stadio pisano calò intorno ai 16 mila spettatori. Al tempo furono anche effettuati lavori ai gradoni, troppo alti per le norme del tempo in curva e gradinata, con le file più basse coperte da lastre di alluminio. Si arriva così alla presidenza di Carlo Battini, dopo il secondo fallimento. Qui lo stadio pisano subì il secondo grande calo della capienza per opera del presidente nerazzurro che, risparmiando sugli steward, preferì in Serie D e Serie C diminuire sotto i 10 mila posti la disponibilità dello stadio. Nuovi lavori si resero necessari per adeguare lo stadio in seguito alla promozione in Serie B del 2016, nel corso della presidenza Petroni.
I problemi societari del tempo non permisero allo stadio di avere i permessi necessari, tanto che inizialmente il Pisa fu costretto a giocare al Castellani di Empoli. I lavori all’illuminazione e non solo, da parte di Ngm, permisero in seguito di riaprire l’Arena Garibaldi, dopo che l’impianto tornò a ospitare le gare a porte chiuse. Lo stadio raggiunse così nuovamente la capienza di oltre 12 mila posti, ma durante la presidenza Corrado, alcune perizie antisismiche rilevarono criticità alla parte destra della Curva Nord (il curvino) e alle vie di accesso e di esodo.
Lo stadio fu così ridotto di capienza nuovamente, addirittura a 8500 spettatori, per poi tornare a 9942 quando venne studiata una "soluzione ad orologio", nel 2019, su idea dell’assessore Raffaele Latrofa, che sfruttò tutta l’agibilità dei settori spostando le delimitazioni in senso orario dei settori dell’Arena Garibaldi. Solo a causa del Covid-19, per un brevissimo periodo, fu ridotta temporaneamente la capienza nel 2021 a 5000 spettatori, prima del ritorno a 9942 e alle criticità che oggi affliggono la gradinata e che porteranno a un nuovo calo della capienza.