La villa principale risale al XV secolo ed è circondata da un paesaggio mozzafiato, tra colline, vigneti e giardini all'italiana. Progettata dall'architetto Bartolomeo Ammannati, noto per il suo lavoro alla corte medicea, la villa è un esempio perfetto di architettura rinascimentale. Le incisioni sul tetto della villa ricordano la data di completamento, il 1589, quando fu eretta su terreni donati dalla Repubblica di Firenze a Gino di Neri Capponi per la vittoria contro Pisa.
La famiglia Capponi, una delle più illustri famiglie fiorentine, mantenne la proprietà per secoli. Tra i suoi abitanti celebri si annovera anche il senatore e storico Gino Capponi, che la utilizzava come residenza per ospitare personaggi illustri come Alessandro Manzoni.