La vaccinazione si è dimostrata capace di impedire l'instaurarsi delle infezioni acute da HPV dovute ai tipi virali contenuti nel vaccino, di evitare il passaggio alle infezioni croniche e di progredire fino alle lesioni pre-cancerose (necessarie per arrivare al tumore vero e proprio). I vaccini ora disponibili sono costituiti da particelle simil-virali (come gusci vuoti del virus), che non hanno alcuna capacità di riprodursi o infettare l'organismo umano, ma che presentano una conformazione esterna assolutamente simile a quella dei virus vivi.
Il sistema immunitario (sistema delle nostre difese) viene così stimolato a produrre anticorpi contro le proteine presenti sulla superficie dei virus e quindi in caso di esposizione naturale all'infezione il virus viene bloccato prima che penetri nelle cellule delle mucose (tessuti di rivestimento) genitali. All'inizio della campagna vaccinale avevamo a disposizione due formulazioni diverse di vaccini contro virus HPV: una formulazione conteneva le proteine dei virus HPV 16 e HPV 18, mentre l'altra conteneva, oltre alle particelle simil-virali HPV 16 e HPV 18, anche quelle HPV 6 e HPV 11.
Oggi abbiamo a disposizione un vaccino nonovalente, in grado di prevenire lesioni cancerose e precancerose della cervice, vulva, vagina, ano e condilomi genitali causati da HPV 6,11,16,18,31,33,45,52 e 58. Il vaccino ha un'azione preventiva e non è efficace quando i virus sono già penetrati nelle cellule delle mucose. Quindi la vaccinazione è primariamente rivolta a soggetti non infetti. Dato che la risposta immunitaria si è dimostrata più elevata nei soggetti giovani, che non hanno avuto ancora contatti con l'HPV, i destinatari primari dell'offerta gratuita in Italia sono maschi e femmine che hanno compiuto 11 anni.