L'infezione da HPV, non determina alcun disturbo (sintomo) particolare. La maggior parte delle infezioni guarisce infatti spontaneamente senza conseguenze. Solo una minoranza di infezioni diventa cronica, ed è proprio in questa situazione che il virus, nel volgere di pochi anni, può indurre la comparsa di lesioni pre-cancerose (precursori del cancro). Infatti se queste non vengono riconosciute (con il Pap-test) e curate in modo appropriato, possono evolvere nel cancro della cervice uterina.
Per l'infezione non esiste una cura specifica. Per prevenire o diagnosticare tempestivamente le alterazioni delle cellule del collo dell'utero che possono essere provocate dal virus HPV, occorre eseguire regolarmente il Pap Test (Test di Papanicolau dal nome del suo ideatore). Si tratta di un esame atto ad indagare le alterazioni delle cellule del collo dell'utero. In questo modo è possibile accorgersi per tempo se si stanno formando alterazioni sospette dei tessuti del collo dell'utero. E' evidente che la vaccinazione, non cura ma previene l'infezione.
Una volta che si sia acquisita l'infezione con uno o più tipi di papillomavirus, sono le difese dell'organismo che portano eventualmente alla guarigione nella maggior parte dei casi. I tipi 16 e 18 più facilmente sono responsabili delle cronicizzazioni delle infezioni e del passaggio dopo oltre 10 anni al cancro della cervice. Teoricamente è possibile prendere una seconda volta un'infezione con lo stesso tipo di HPV perché le difese, messe in atto dall'infezione naturale, sono intense e di breve durata: la lesione è localizzata e il virus non migra nel sangue. Solo la vaccinazione determina livelli di difesa almeno 10 volte superiori a quelli naturali: essi persistono per più di 8 anni.